Edit: Das Problem, dass beim Ausschalten einer Leuchte mit der Fernbedienung auch die andere abgeschaltet wird, hat mit dem Hue-System direkt zu tun. Obwohl in der App steht, dass der Taste zum Ausschalten nur die Lampen abschaltet, die mit der Fernbedienung auch eingeschaltet wurden und obwohl beim Einschalten per Szene nur eine der Leuchten geschaltet wird, schaltet die Fernbedienung auch mit gestopptem Hue-Adapter beide Leuchten ab. Ebenso beim Einschalten.
Bleibt also nur das Problem, dass ohne eine Veränderung per Hue App oder FB eine Lampe irgendwann abgeschaltet wird. Werde mal sehen, ob da über das Logging mit Debug Modus ein paar brauchbare Informationen kommen.