Ich habe gerade exakt dasselbe Problem.
Aber nicht immer. Auf dem Raspi 3 startet nach Reboot iobroker (als Slave) nicht automatisch.
Gebe ich dann per Hand "iobroker start" ein kommt die Meldung: "Failed to write pidfile (EACCES)".
Gebe ich jedoch "iobroker restart" ein, klappt es.
Kurios. Zumal es sehr oft passiert nach Reboot, aber ab und zu klappt es doch ohne mein Zutun.
Ich beobachte das mal weiter, wenn nicht muss ich es neu aufsetzen.