@ticaki Danke, hab eval auch schon gefunden, aber erst nicht so ganz verstanden.
Ich hab gelesen, es wird empfohlen eher Function zu nutzen und das hat jetzt so geklappt:
Spoiler
// Externe Function calls
onMessage('call', (data, callback) => {console.log('Received data: ' + data);
Function('"use strict";'+data)(); callback(null, Date.now())});
So kann ich jede Funktion der Skriptinstanz auch außerhalb aufrufen und muss gewisse Funktionen nicht in mehreren Skripts haben oder in globale setzen.
Edit:
Noch besser, dadurch, dass der Code jetzt in einem global Skript ist, kann ich Instanzübergreifend jede Funktion aufrufen ^^