@audiojoy insbesondere der Inhalt deiner Composer-Datei wäre interessant.
Vermutlich werden die Daten nicht aus dem Container ausgeleitet - oder mit dem Zielpfad stimmt etwas nicht.
Die Daten dürfen nicht innerhalb des Containers gespeichert sein, denn der wird bei Updates einfach neu erstellt und wieder mit den außerhalb gespeicherten Daten verknüpft.
Das gilt für alle Container! Ist meine Lieblingsfrage an Leute die schwärmen wie einfach es war, Nextcloud als Container auf dem QNAP/Synology aufzusetzen. Ich frage dann wie das Update lief - Hui, da war alles weg (kommt nicht mehr so oft wie früher die Antwort)