Ich glaube ich habe den Fehler gefunden.
Es hat ja immer die erste Analoge Zahl nicht richtig erkannt.
Im Analog ROI Processing unter ROI ana1 war der Haken bei Counter clockwise rotation (CCW) gesetzt.
Bei den anderen 3 ROIs ist nur der Haken Lock aspect ratio und Synchronize y, Δx and Δy between ROIs geseht.
Seit dem ich den Haken Counter clockwise rotation (CCW) raus habe, scheint es sauber zu laufen.