Грохнул день, чтобы разобраться...
Ошибка не в правах и не в открытых файлах, которые никто не закрыл... Все проще.

\opt\ioroker\node_modules\iobroker.js-controller\lib\objects\objectsInMemServer.js

содержит функцию

function deleteOldBackupFiles() {...},

в которой вот такой кусок кода:

try {
        fs.unlink(backupDir + file);
      } catch (e) {
         log.error(`Cannot delete file "${backupDir + file}: ${JSON.stringify(e)}`);
      }

Здесь используется асинхронный unlink без второго параметра и то ли глючит, то ли выплевывает ошибку "по дефолту" - do not know...
Можно поставить вместо него fs.unlinkSync, но я предпочел не портить синхронностью асинхронность

fs.unlink(backupDir + file, function (err) {
   if (err) log.error(`Cannot delete file "${backupDir + file}: ${JSON.stringify(err)}`); });
  }

Такой унлинк вполне хорошо стирает старые бэкапы без ошибок.

Совершенно аналогичный кусок кода в

\opt\ioroker\node_modules\iobroker.js-controller\lib\states\statesInMemServer.js

(см. ту же функцию)

Кстати, в процессе ковыряния в этом деле выяснилось, что настойки для бэкапов objects und states в opt\iobroker\iobroker-data\iobroker.json не подхватываются сетапом. Разбираться пока некогда.

Я человек в обчестве новый, готов скинуть инфу разрабам, но с немецким совсем плохо и не знаю куда